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January 29, 2004
今天的两个主题：squid和BLAST
今天在IBI服务器上装了squid和wwwBLAST。
－ squid
年前服务器硬盘RAID崩溃，数据全部丢失，就重新安装了RH linux 8.0，今天我在services里发现，安装系统的时候已经把squid也一起安装上去了，这是一个代理服务器架设软件。我开启了这个服务，但是他还不能正常运行，需要配置squid.conf文件。将其中的http_access deny all 改为http_access allow all，增加了一行cache_peer 10.10.2.53 parent 6666 3130 login=*:* default no-query，就可以通过这个代理浏览网页了，但是网址中有“？”的无法浏览，最后是去掉了带hierarchy_stoplist的一行，才解决。每次对squid.conf的修改，必须通过/usr/sbin/squid -k reconfigure来生效。现在这个squid代理还有两个问题，一是无法通过他上QQ，二是在论坛入口无法实现登陆。
－ wwwBLAST
IBI的一个非常重要的服务就是提高基于网页的BLAST。今天我在NCBI找到了解决办法，有一个名位wwwBLAST的软件专门负责提高与NCBI提供的BLAST服务几乎一样的服务。安装这个软件比较简单，只要place it into document directory of HTTPD server and uncompress it。这样，网页都生成了， 可以浏览，但是还不能做匹配，可能在服务器上还要安装本地BLAST，还得看README
Posted by 西瓜 at January 29, 2004 11:08 PM
Comments
wwwblast我已经放在/usr/www/html/下,在apache下blast首页可以看,但不能做比对,点research后出现的是blast.cgi的代码,这是怎么回事,谢谢!
Posted by: zm at May 20, 2006 02:33 PM
事情过去已经2年半了，我不记得本地是不是要安装blastall这个软件。但是你要注意的是你apache的httpd.conf是不是允许在/var/www/cgi-bin/下面运行cgi程序，把wwwblast的cgi文件拷贝到这个目录下，（有必要干脆把wwwblast的文件全拷过去），修改/var/www/html/blast/*_cs.html（也有可能是别的html文件），使得form action指向正确路径的cgi文件。
你的做法看到的是代码因为是在html目录下不运行cgi程序，要把cgi放在cgi-bin里运行，不要忘记chmod a+x *.cgi。
我以前设置浙大生物信息服务器的时候留下了这个资料：
http://www.augix.com/html/work/IBI.html#BLAST
Good luck!
Posted by: 西瓜 at May 20, 2006 03:50 PM
非常感谢您的帮助,我正在做生物信息本地分析系统,您的IBI.HTML中的信息非常好,谢拉!!
不知IBI.HTML中的CGI脚本还有吗!!我的CGI编程非常初级,编不出您那样的程序,可否指点一下!!!
谢谢!!!
Posted by: ZM at May 21, 2006 12:02 PM
我备份着几个cgi脚本。你想学cgi编程的话，这里有个不错的原代码案例，可以从这个开始。
Google: ReadSeq.pl
Posted by: 西瓜 at May 21, 2006 04:23 PM
我本科毕设做的就是生物信息本地分析系统，当时用VC写的BLAST-CGI只考虑了如何实现单机BLAST的web访问，简单实现该功能后就没有再多考虑了……现在将其上传实验室对外服务器后，出现多用户同时访问的情况，：（，出问题了……无法识别是谁的task，显示的结果是同一个（为最先递交申请的用户提交的序列的blast结果）。所以老板让我重新做过……
Posted by: jealy at May 23, 2006 04:19 AM
不知能否借鉴参考下您的IBI.HTML中的CGI脚本？我现在不太想用VC去实现cgi，但是用别的语言没有尝试过。非常感谢！
Posted by: jealy at May 23, 2006 04:25 AM
to jealy: 只要是正常安装wwwblast，多用户访问不会有问题。如果你要用自己cgi递交任务到服务器上装的单机blast，你可以在cgi中使用可以代表进程号的函数来给指代不同用户的任务，结果文件也就不会互相干扰。在perl里，这个函数是$$。
我没有为blast单独写过cgi，我直接安装了wwwblast，就ok了。
Posted by: 西瓜 at May 23, 2006 12:02 PM