augix.com | 里昂印象

前一段时间(大概一两个星期),对于我这样一个闲散的人来说(是大学这几年养成了悠闲的习惯),我一直处在一个近乎"战斗"的状态,每天中午起床(说是战斗状态,但是起床还是遵循一般规律),解决第一顿(家友超市买的一大袋东西够吃很久),然后去实验室,呆到肚子极饿,去食堂,如果过了六点,就回寝室,找我那袋东西.晚饭解决后,去实验室,再战斗到11点(不能再晚了,因为楼下大伯这个时候关门),回寝室,继续看资料,仍然是考虑如何实现白天的内容.到极困,爬到床上去.

那段时间也并非天天如此,其中有一整天在pconline.com.cn看网页,我几乎要把这个站点所有的网页都看掉了,包括所有的配机方案,各种硬件的选购技巧,技术文档和评测资料,业界行情.还有就是如何鉴别真伪.因为第二天要帮朋友去配机.去配机的这一天是最轻松的.帮朋友配完电脑后,把我自己的电脑搬回了家,理论交通工具为的士+中巴车,实际交通工具为的士+的士+中巴车,理论运费为13+12=25元,实际运费为13+10+12=35元,因为打的去错了车站,结果多打一次,唉,实在是太SB了.

而绝大多数在实验室的时间,解决了如下几个难题:
1.我在1月16号完成的任务染色体矩阵(我称之为ChrMatrix.task)中,发现的染色体拉伸现象,以及后来被我计算出来的我称之为染色体的弹性系数的东西,就是这些在羊年没能解释的,非常不可思议的东西,在猴年的第二个星期里面,被证实完全是由于我的那些处理blast结果的程序集中的一脚本的一行代码中的一个正则表达式中的匹配项少了一个空格所造成的,我的染色体弹性拉伸理论完全沦为荒诞.这同时也成为一个笑话.
2.我在修改了上面说的那个程序后,重新处理了blast结果,并且生成了新版染色体矩阵图(ChrMatrix.new.task),小fan对这张图比较满意,但是他同时又提出了一项改进这个结果的办法,就是双向匹配,也就是2号染色体的片段在4号染色体上找到的best hit同时也best hits上这个在2号染色体上的片段.于是我又开始了一个新任务--ChrMatrix.new.doubleHits.task,这个任务是在四天前完成的,最后的结果为78个Excel文件,也就是78张图,小fan收到以后估计是很满意,在他的回信中,第一句话是"Very good!",但是第二句话是,"and next task is...".
3.至于ibi.zju.edu.cn的建设问题,我没有一天不在为这件事战斗.到目前为止,我已经把除了折磨了前任webmaster他所说的"好长好长一段时间"的srs数据库外的blast,readseq,genscan,clustalw都调试成功,我先是在google一个个地找到这些软件的homepage,下载到本地,解压,按照说明安装,根据文档测试不同参数,然后分别为他们写了CGI程序(学CGI花了我整整两天时间),最后再整合到IBI上面,使他们以web interface的形式提供给用户服务,但是,我还需要修改这些程序,因为我现在还不知道该如何安全地让用户把数据以文件形式直接提交给CGI程序处理,而非让用户以Paste data to textarea of webpage形式提交数据.

所以,总的来说,我的时间主要花在优化我的perl代码,介合html代码,写CGI程序,熟悉各种生物信息软件,理解他们个自复杂的参数设置,读他们的help文档,因为全是英文的,所以相当痛苦.最后就是配置linux服务器.

至于今天,本打算去网络中心交网络费,忘了去了,得三天后再去了.宿管办也忘了去了,至今我还是非法住在宿舍,明天见到楼长又会很不好意思了.
还有本打算今天一起洗掉的衣服袜子还在脸盆里,呵呵,明天再洗吧.

Posted by 西瓜 at February 9, 2004 08:19 PM

Posted by: jealy at May 23, 2006 04:30 AM

Posted by: 西瓜 at May 23, 2006 12:06 PM