augix.com | 里昂印象

我们三个手腕手，撑着一把伞，走在郊区蜿蜒的坡路上，感觉是很棒的，可以暂时忘记市区的繁忙跟学习的压力，留学的乐趣仅仅在跟朋友一起外出时才感受得到。我们来到公车站，小镇的夜景真不错，安逸和谐。

我跳上矮墙，打破了背后的和谐。

Posted by 西瓜 at 01:40 PM | Comments (13) | TrackBack

18/04/05
导师又介绍了一个鼠类的课题，规定这个课题跟人类基因组的课题中，我只有选一个。我决定还是从这个开始，因为历时短，我想如果快些做出来，发表出来对以后的选择会提供很多机会，人类基因组的课题我希望能在完成现在这个后再去尝试。课题要解释的现象是：鼠类基因组上xxxx(保密)xxxx与其他各种哺乳动物存在着明显差异。

导师说实验室这里没有更多的电脑了，办公桌也没有了， 她说要么通过web …（她有些伤脑筋）… 你还是先在自己的笔记本上试验一部分小数据吧。轰，一个惊叹号把我砸扁！

突然觉得朱军院长说的话很有道理，他在500万的IBM大型机运到研究所的时候告诉弟子：“你们是幸运的。”当时我不以为然，因为在网上看到日本东京大学的计算中心排满了这样的大型机。

为什么法国是这样的，就算在动物进化领域这么有名的导师也要跟另外三个教授挤在一个小小的办公室。
回到教室，同学告诉我，这就是法国的公立大学（全靠有限的国家投入）。我说，在中国，我们实验室非常大，我可以用自己的双cpu工作站，也可以到超级计算机上面去作分析。她们都羡慕地说，要去中国。同学说，那你在法国一定很失落，我倒是觉得困难越大，对自己的要求就更高，我对她们说：“没关系，la plus grande difficulté, le plus grand succès.”（最大困难，最大成功）

Posted by 西瓜 at 02:00 PM | Comments (2) | TrackBack

昨天看〈狼图腾〉一直到凌晨，主人公的冒险故事，使人或冷汗或热血，这是我喜欢的，但是作者对于中国历史的分析是我不能认同的。之后看到的，张丰年给出的一些史料则不同，它至少也在感情上和我的民族自豪感认同起来。

说到底，历史事实是怎样的，以我的学识，是怎么也无权加以评论的。但是在论证方法方面，我知道在科学界，至少自然科学界，论证的方法大致有两派风格，欧洲人的论证常常从理论（或者假设）出发，事实证据则作为验证支持理论（或假设）的角色。美国人的论证常常从事实出发，逐步归纳出结论。这样的说法是我初中时不知道什么地方看来的，无论如何，这两种风格是存在过的。现在事情当然不会是两句话这么简单，我想也许更趋于大同，屈服于主流。

我觉得逆流而上的归纳更能让人信服，但是充分发挥猜想的力量提出的理论或假设更能让我激动，特别是摆出一个简单概括一切的公式总是觉得漂亮的。

是否抱住了自己意外收获的理论以后，再举证时会失衡。就是说，〈狼〉作者的经历给了他一个简单的理论：游牧存在决定狼，勇敢坚强，农耕存在决定羊，温顺软弱，中华民族性格是狼民族对羊民族的不断输血混血的结果。再拿这个理论去套中国的历史。这样的论证是否会有偏见？至少我在看〈狼〉最后一篇的时候，直觉是作者反复套用理论，史实简单化。

有一点，如果羊性的懦弱阻碍文明的发展，需要狼性的进取，那为何进取的狼性没能更文明？战争当然不是文明。到底是狼性促进中华的文明，还是狼性破坏了文明的进程和成果。

话说回来，任何的证明方法都有他的论证目标，当然会有倾向性。即使是解方程的时候，也可能忽略有意义性。
我们只有稳稳地站在更多的事实上，才能更清晰地看到更多的事实。

就个人性格而言，进取性格仍是我特别想推崇的。〈狼〉一书引发了我的一些思考，特别是中国史方面，民族性格方面。突然发现自己非常喜欢历史，意外，意外。

感谢波波推荐此书，感谢〈狼〉。

其他见闻
• 微笑着抗议

Posted by 西瓜 at 01:29 PM | Comments (5) | TrackBack

05年4月11号，导师让我加入了人类基因组的研究。

Posted by 西瓜 at 08:36 AM | Comments (4) | TrackBack

里昂金头公园紧连着一个高级公寓，名为la cité international国际城，作为公寓的小区绿化，这里头有一个城市花园(le Jardin de la Cité)，上图显示的是这个公园2013年的样子。
最上面的文字是l'art du paysage，意思是景观的艺术。画面左边就是公寓，中间的环形绿篱，我第一次看到的时候还以为是一般的灌木修剪出来的，仔细看才发现他利用的是乔木的树冠。我不懂园林，但是我想这一定是一个独特的设计。画面下面的文字是Le Jardin de la Cité en 2013. Les chênes verts ont besoin de 10 ans pour atteindre leur taille définitive, soit presque 8 métres. 城市花园2013，冬青栎需要十年时间长成最终的冠幅，大约８米。用十年等待一个设计，没人能比里昂人更有耐心。

从这张图就可以清楚看到组成“绿篱”的正是冬青栎的树冠。画面中也显示了装点花园的一些花卉。

Posted by 西瓜 at 05:37 PM | Comments (4) | TrackBack

30 dec 04
从Bron搬到Villeurbanne，跟John住在一起。

-> 两个月的合租生活，可惜没有作任何纪录。

4 mars 05
John走了，我们约好下周四再见了。回到这个还有点霉味的房间，在窗边坐下，打开word，开始用这种方式记录。
（略去一大堆牢骚）
认识了对门的Antoine，聊了很久，他邀我一起吃晚饭，但是这里做菜不方便，作罢。

５mars
那个勤劳智慧勇敢的中国人把废弃在厨房的冰箱好好清洗了一遍，重新组装，嘿咻嘿咻搬回了房间，哈哈，重获新生。

6 mars
日内瓦之旅

10 mars
Charles教授送了一本书，中文。

13 mars
春天来了，法国人又开始踢球了。

27 mars
斌在得知园林专业的入学考试程序那晚，喝醉，写下一首诗：《我们注定是孤独的》。

听到两句话。
1. 说是一个中国学生因为杀了一只鸽子吃，被遣送回国。
2. 倩帮我理发，说我会是个好爸爸。

29 mars
英语老师没来上课，全班同学一起去喝茶，他们说的笑话，听不懂，有一个笑话关于Maud养的那些老鼠以及老鼠之间的爱情。聊了一个小时，期间只插了一句话，表达自己对《friends》的喜爱。

30 mars
Antoine请我吃晚饭，crouscrous跟鸡肉，之后看法国队跟以色列踢成1:1。Antoine说我在学习上有困难可以问他，他说下次我可不可以做中国菜给他吃，这就是法国人希望增进交往所采取的方式，其余大部分时间，房门紧闭。

31 mars
信息楼门口贴了一副对联，百尺竿头，更进一步，步字多了一点，抱歉，中文就是这么难。

里昂一大的日本人在一个草坪上摆了一圈小游园什么的，如果发动起中国学生也搞个小活动，可以做什么？

2 avril
和俊一起去超市买菜，自行车被偷了，他说我怎么一点反应没的，我说丢都丢了，还能怎么办。晚上跟他聊了很久，军事，政治，人生，情感。回到自己房间已经３，４点钟了，反省，心爱的人丢了，我还能怎么办...

• 只言片语2
• 只言片语1

Posted by 西瓜 at 09:46 AM | Comments (3) | TrackBack

ACGGTGCGGACCAAATCCTTAGACT
ACAGTGCAAACCAAATCACACCCCTTATT

对上面两条序列的进行联配(alignement)，相同碱基配上加1分，不同碱基配对记作-1，一个gap记作-1，自左向右逐个完成配对，得到最大得分即为最佳联配。用python编写程序完成。老师写的程序只得到了一个匹配结果：

ACGGTGCGGACCAAAT______CCTTAGACT
ACAGTGCAAACCAAATCACACCCCTT__ATT

事实上，不同联配方式，得分可能均为最大值。我的程序比老师的短，并且考虑到了这一因素。 我的结果是：

score=7
ACGGTGCGGACCAAAT____CC__TTAGACT
ACAGTGCAAACCAAATCACACCCCTTAT__T
//
ACGGTGCGGACCAAAT____CC__TTAGACT
ACAGTGCAAACCAAATCACACCCCTTA_T_T
//
ACGGTGCGGACCAAAT____CC__TTAGACT
ACAGTGCAAACCAAATCACACCCCTTA__TT
//
ACGGTGCGGACCAAAT____CC__TTAGACT
ACAGTGCAAACCAAATCACACCCCTT__ATT
......

我的代码是：

#!/usr/bin/python
seq1='1'+'ACGGTGCGGACCAAATCCTTAGACT'
seq2='2'+'ACAGTGCAAACCAAATCACACCCCTTATT'
flag={};score={};flag[0,0]='';score[0,0]=0;newseq1={};newseq2={};position={}
def fonc(i,j):
	flag[i,j]='';newseq1[i,j]=[];newseq2[i,j]=[]
	if j==0: flag[i,j],score[i,j]='-',score[i-1,j]-1;return
	if i==0: flag[i,j],score[i,j]='|',score[i,j-1]-1;return
	if seq1[i]==seq2[j]: s=1
	else: s=-1
	AB,AG,GB=score[i-1,j-1]+s,score[i-1,j]-1,score[i,j-1]-1
	if AB>=AG and AB>=GB: flag[i,j]+='\\'; score[i,j]=AB
	if GB>=AB and GB>=AG: flag[i,j]+='|'; score[i,j]=GB
	if AG>=AB and AG>=GB: flag[i,j]+='-'; score[i,j]=AG
for j in range(len(seq2)):
	for i in range(len(seq1)):
		if i!=0 or j!=0: fonc(i,j)
print 'score='+str(score[i,j])
newseq1[i,j]=[''];newseq2[i,j]=[''];position[i,j]='true';newseq1[0,0]=[];newseq2[0,0]=[]
while i!=0 or j!=0:
	for i,j in position.keys():
		if i==0 and j==0: break
		del position[i,j]
		if '\\' in flag[i,j]:			
			newseq1[i-1,j-1]+=[seq1[i]+x for x in newseq1[i,j]]
			newseq2[i-1,j-1]+=[seq2[j]+x for x in newseq2[i,j]]
			position[i-1,j-1]='true'
		if '-' in flag[i,j]:
			newseq1[i-1,j]+=[seq1[i]+x for x in newseq1[i,j]]
			newseq2[i-1,j]+=['_'+x for x in newseq2[i,j]]
			position[i-1,j]='true'
		if '|' in flag[i,j]:
			newseq1[i,j-1]+=['_'+x for x in newseq1[i,j]]
			newseq2[i,j-1]+=[seq2[j]+x for x in newseq2[i,j]]
			position[i,j-1]='true'
for i in range(len(newseq1[0,0])):
	print newseq1[0,0][i]+'\n'+newseq2[0,0][i]+'\n//'

Posted by 西瓜 at 01:21 PM | Comments (3) | TrackBack