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January 17, 2006
我写的一些小程序
昨天应luwei同学要求，写了一个小程序，Microsatellites Finder，用来搜索多序列中的微卫星序列。程序地址在：
http://www.augix.com/cgi-bin/Bioinfo/Microsatellites.cgi
我在国内时写了一些程序，有几个放在下面这个网页，但是我在浙大的文件都被删除了，他们都运行不了了。
http://www.augix.com/html/work/Didier.html
我到法国买了苹果机以后，写过一些帮助管理计算机，更好地组织信息的程序。只有一个帮助背单词的放在了网上：http://www.augix.com/FR.EN.CH/
这个程序的名字叫FR.EN.CH，是三种语言（French, English, Chinese）的结合，目前数据库里只有英法互译，你可以输入英文，查对应的法文单词，也可以做练习（选择题），来帮助背单词，不妨一试。
如果你们想要个什么程序，跟我讲，你们的要求会给我提供点子。我打算开始把空余时间花在整理，发布我的程序上了。
Posted by 西瓜 at January 17, 2006 12:40 AM
Comments
西瓜，我看你还是更适合做软件开发啊！转行吧！呵呵。不过你编程都是网页上的，最好是直接编译成软件，下载安装使用。
Posted by: 心跳 at January 18, 2006 08:56 AM
西瓜,谢了,非常得好用,至少减少了我1个多星期的工作量!
Posted by: submarine at January 18, 2006 02:22 PM
界滚的,瓜瓜
Posted by: Jackyscale at January 18, 2006 06:29 PM
^-^喜欢这里。。。以后找朋友也写一个如是般的blog~
Posted by: Virginie at January 30, 2006 06:28 PM
您好 ,我按照您说的把blast解压到cgi-bin文件下,并把*.html拷贝到html文件夹下,并更改了FORM ACTION的连接,但还是不行,还是原码,怎么办呀??/?
您的Microsatellites Finder 程序我很感兴趣,能把他的原代码发到我的油箱一份吗??谢谢!!!
Posted by: zhoumeng at May 25, 2006 03:09 AM
您的Microsatellites Finder 程序我很感兴趣,能把他的原代码发到我的油箱一份吗??谢谢!!!
Posted by: jealy at May 25, 2006 04:29 AM
to zhoumeng and jealy: 邮件已发送，请查收。另外，我最近要写一个生物信息学方面的程序，作为硕士毕业的评价部分之一。但是我还没有创意，不知道写个什么软件。如果你们有什么想法，一定跟我讲。谢谢。(ps:zhoumeng的邮箱是否正确？）
Posted by: 西瓜 at May 25, 2006 05:28 AM
谢谢！
已经回复邮件，请查收。
Posted by: jealy at May 25, 2006 11:41 AM
zm99_0_0@yahoo.com ,zm99.student@sina.com
我的硕士论文就是关于生物信息分析系统的建立, 想搞个电子克隆的自动分析程序,但一直作不出来,你看有意义吗??
整个程序设计设计思路是:建立对种子序列进行单次延伸的核心程序core
该程序基于Linux/Bash环境运行，用于完成对种子序列的一轮电子延伸过程。
控制程序control调用核心程序core，同时对电子延伸的整个过程进行监控，用
于判断新生序列是否对种子序列进行了有效的延伸以及是否需要进行下一轮的
延伸过程。其思路是从众多可能的新生序列中判断哪个序列是对种子序列进行了
有效延伸的序列，再以此序列作为新的种子序列进行新一轮延伸过程，直到最后
的新生序列和上一轮延伸序列之间长度变化在10个碱基之内。control程序采用
Perl语言编制。程序end也是基于Linux/bash环境运行，用于对输出的一系列文
件进行整理，将所有中间输出的文件删除，只保留种子序列本身以及对种子序列
进行每次延伸后的新生序列。程序core, control和end最后被组织在一个完整的
程序ctg中，其中只含有两条命令:
./control $1
./end $1
其中，$1表示需要进行电子延伸的种子序列的文件名称(FASTA格式)。例如，./ctg myseq命令即可对文件myseq中包含的种子序列进行延伸，最终输出一系列延伸结果myseq_1 ,myseq_2. ......myseq_n)，其中序列myseq_n是进行n次延伸后的结果文件。该文件即是对种子序列myseq电子延伸的最佳结果。
Posted by: zhoumeng at May 25, 2006 11:45 AM
西瓜,又得麻烦你了,你发到我油箱的是乱码,你能把代码作为附件在发一次吗??谢谢!!!另外你的Microsatellites Finder的算法是什么呀???
Posted by: zhoumeng at May 27, 2006 03:34 AM
西瓜,不好意思,不知怎么的,发到我油箱的汉字都是乱码,转换代码也不行,你给我的回信能直接写到论坛上吗??或者作为附件在发给我好吗??谢谢!!!
另外,那个电子克隆程序能实现吗???
Posted by: zhoumeng at June 1, 2006 02:55 AM