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April 29, 2006
杭州 － 最美的地方
经常在里昂做自我介绍的时候，说我来自，中国最美丽的城市－－杭州。他们也很好奇，到底杭州有多美，于是我便想收集杭州的图片，还想写点评注，给老外介绍介绍杭州的风景，介绍介绍杭州的人文。但是时间总是不够花，今天就暂且先通过flickr这个网站搜索出一点，之后再慢慢更新，希望有人一起找，最终，我相信可以整理出非常精彩的一个相册。
originally uploaded by Sophie Xia
杭州之美，像一首诗，像一个梦。光是浙大的BBS，飘渺水云间，这个名字都蕴涵着杭州之美，然而这样的美，又如何用英语，法语来表达了，这将是另一个课题。
图片是通过在flickr.com搜索关键字hangzhou收集而来，所有图片指向flickr.com。
Posted by 西瓜 at 02:12 AM | Comments (6)
April 28, 2006
里昂三贱客
April 25, 2006
学术报告月
月初，文森特写下这样一首诗，
Le mois qui vient 接下来的一个月
Sera prolixe 将是漫长的
En belles et longues réunions 伴随着美好的，长时间的聚会，
Des demain 从明天
L'ami Augix 朋友augix
Captivera vos attentions 将吸引大家的注意
puis ce sera 接着将是
jeudi midi 周4中午
Jean-François 让－佛郎所瓦
qui parlera 他会讲讲
de paramecie 草履虫
je crois... 我想是的...
et pour ceux qui ne comprennent rien à la poesie, voici le planning des prochaines réunions, toujours bibliothèque, toujours 13h00:
对于那些一点不懂诗歌的人，这里是将要到来的一些学术聚会的安排，都将在阅览室，下午一点开始：
Mercredi 12 Avril: Augix 我讲了哺乳动物GC进化
Jeudi 13 Avril: Jean-François 让－佛郎所瓦将了草履虫基因组
Mardi 18 Avril: Claire 克莱儿讲了寻找同源基因办法
Jeudi 20 Avril: Sophie 苏菲讲了进化树
Jeudi 25 Avril: Raquel et Arnaud 哈盖乐讲了EST
Mercredi 26 Avril: Léo 蕾欧讲什么，我还不知道。
这个月快结束了，这些学术报告明天也就结束了。而今天恰巧是葡萄牙康乃馨革命纪念日，哈盖乐在讲完EST的问题后，告诉我们这个纪念日的故事。1974年4月25日葡萄牙一批左翼军官发动政变，推翻萨拉查独裁政权，成立了民主政权，宣布实行非殖民化政策，放弃海外殖民地。这被称为“康乃馨革命”的政变不仅在本国产生深远影响，还导致非洲各葡属殖民地脱离葡国统治纷纷独立。后来，为了纪念这一历史性日子，便将4月25日定为节假日，称为自由日或葡国革命日。
update: 关于Grândola Vila Morena有一首非常好听的歌曲与这次革命有关，因为革命是以这首歌曲在电台的播放作为信号而发动的。我反复听了好几遍，虽然听不懂歌词，我感觉到的是前赴后继，团结一致。有朋友感兴趣的话，给我留言，我可以把mp3发过去。这首歌的名字就是Grândola Vila Morena.
我们实验室有很多杰出的年青研究员，他们来自葡萄牙，他们在法国这个尤为推崇自由民主平等博爱的国家里从事着科学工作。他们在今天的聚会中邀请我们晚上去他们家庆祝这一节日。我跑了一点路，在一家花店找到仅剩的几支红色康乃馨赴宴，主人非常开心。庆祝非常简单，我们吃面包，饼干，喝啤酒，聊天。
我发觉自己没有刚来法国时爱说法语了，我说地越来越少，庆幸的是听力似乎没有退步。在里昂，所有的聚会上，大家都喜欢聊天，说说笑话等等，今天晚上也是，不同的是，我听到实验室的一些内情，这是平日里听不到的，这让我感受到实验室结构的复杂性。(注：准确说是实验室成员的国籍成分复杂）（另注：4月25号也是DNA双螺旋结构论文发表的日子）
Posted by 西瓜 at 11:48 AM | Comments (4)
April 24, 2006
把曾经在blogcn写的blog全部转移过来
终于把我在03年6月到04年底写在blogcn（博客中国）的所有blog都导入到现在的MT系统。你可以看到我的“每月存档”多了很多个月，“分门别类”里面也多了一个Catelogy 2003 - 2004. 实现从blogcn搬家到MovableType不是容易的事，我的做法是，先是下载所有在blogcn的网页（很可惜，只剩正文，留言都下载不到了。） 然后编写了一个程序，用来提取网页里面有用的信息。比如，发贴时间，发贴的正文。然后再写成MT可以导入的格式，这个格式是这样的：
AUTHOR: augix TITLE: 保护我们的大豆 STATUS: Publish ALLOW COMMENTS: 1 CONVERT BREAKS: __default__ ALLOW PINGS: 0 CATEGORY: 2003 - 2005 DATE: 04/02/2004 01:30:22 PM ----- BODY: 刚刚给fansile回了信，是关于保护我们国家自己的大豆品种的问题， 我觉得写出来，让大家讨论讨论这个问题还是很有意义的。 ----
在MT里导入就是非常简单了。下面的列表就是导入的161个blog纪录。
Importing entries into blog 'augix.com | 伦敦 巴黎 里昂'
Importing entries as author 'augix'
Importing entries from file 'Untitled.txt'
Creating new category ('2003 - 2005')...ok
Saving entry ('嘿嘿')... ok (ID 205)
Saving entry ('开同学会')... ok (ID 206)
Saving entry ('我回学校了')... ok (ID 207)
Saving entry ('我报了上海2004年4月份的TEF考试')... ok (ID 208)
Saving entry ('理一下头绪')... ok (ID 209)
Saving entry ('今天的两个主题：squid和BLAST')... ok (ID 210)
Saving entry ('wwwBLAST调试成功，squid实现ip控制')... ok (ID 211)
Saving entry ('用于精简conf文件的脚本')... ok (ID 212)
Saving entry ('到处都是烟花的寂寞')... ok (ID 213)
Saving entry ('赶回实验室')... ok (ID 214)
Saving entry ('小结:过完年到今天')... ok (ID 215)
Saving entry ('刚完成的程序代码（GC123)')... ok (ID 216)
Saving entry ('CGI心得（一）')... ok (ID 217)
Saving entry ('Cool! DELL Workstation!')... ok (ID 218)
Saving entry ('中国的第一职业---公务员')... ok (ID 219)
Saving entry ('今夜，找个陌生人rendez-vous')... ok (ID 220)
Saving entry ('今夜找个陌生人rendez-vous(2)')... ok (ID 221)
Saving entry ('bak.ChrMatrix->doubleHits')... ok (ID 222)
Saving entry ('bak.findline->Maize')... ok (ID 223)
Saving entry ('《迷失东京》')... ok (ID 224)
Saving entry ('适合浙大校内架设squid代理服务器的squid.conf')... ok (ID 225)
Saving entry ('梦中的她')... ok (ID 226)
Saving entry ('开完同学会')... ok (ID 227)
Saving entry ('Il n'y a pas de temps')... ok (ID 228)
Saving entry ('后基因组时代的科普之一')... ok (ID 229)
Saving entry ('Les nouveaux programmes: pour maize')... ok (ID 230)
Saving entry ('Les vallées d'Irlande')... ok (ID 231)
Saving entry ('绿魂活动花絮')... ok (ID 232)
Saving entry ('记香街游行(中国人在巴黎过春节)')... ok (ID 233)
Saving entry ('法国科学家愤怒了')... ok (ID 234)
Saving entry ('如果我说我不明白')... ok (ID 235)
Saving entry ('法语的起源和发展')... ok (ID 236)
Saving entry ('FOR base')... ok (ID 237)
Saving entry ('What are ESTs ?')... ok (ID 238)
Saving entry ('张生记的学术晚宴')... ok (ID 239)
Saving entry ('Go to West')... ok (ID 240)
Saving entry ('三位最重要的启蒙思想家')... ok (ID 241)
Saving entry ('绘制最终图的第一晚')... ok (ID 242)
Saving entry ('中心南楼604')... ok (ID 243)
Saving entry ('西瓜的起源学说____西瓜的感恩（一）')... ok (ID 244)
Saving entry ('Base-Distribution (这两天赶时间做的程序）')... ok (ID 245)
Saving entry ('我的新程序GCnew.pl')... ok (ID 246)
Saving entry ('今晚什么事情都不做。')... ok (ID 247)
Saving entry ('用于从多条GenBank格式记录中提取cDNA序列并以Fasta格式保存的程序')... ok (ID 248)
Saving entry ('浙江大学GPA计算软件烂西瓜版')... ok (ID 249)
Saving entry ('即将完成的主页')... ok (ID 250)
Saving entry ('这样的早晨')... ok (ID 251)
Saving entry ('西瓜回了趟家')... ok (ID 252)
Saving entry ('环境变量与远程登陆linux')... ok (ID 253)
Saving entry ('仍然SRS')... ok (ID 254)
Saving entry ('还想去西湖吗？')... ok (ID 255)
Saving entry ('保护我们的大豆')... ok (ID 256)
Saving entry ('TEF')... ok (ID 257)
Saving entry ('恩波第一天')... ok (ID 258)
Saving entry ('雨中漫步')... ok (ID 259)
Saving entry ('我的TEF之行')... ok (ID 260)
Saving entry ('签了协议')... ok (ID 261)
Saving entry ('真是没有想到')... ok (ID 262)
Saving entry ('已经在法国的朋友发来的照片')... ok (ID 263)
Saving entry ('这个假期没得玩')... ok (ID 264)
Saving entry ('PIFdb --> SRS (1)')... ok (ID 265)
Saving entry ('PIFdb --> SRS (2)')... ok (ID 266)
Saving entry ('2004/05/04')... ok (ID 267)
Saving entry ('[转]欧洲的中国，亚洲的法国')... ok (ID 268)
Saving entry ('无论如何也要自己试一试')... ok (ID 269)
Saving entry ('[转]世界最高生活质量城市排名')... ok (ID 270)
Saving entry ('郭庆民考研英语《阅读理解》笔记')... ok (ID 271)
Saving entry ('一个东方男孩的求学梦')... ok (ID 272)
Saving entry ('2004/05/16')... ok (ID 273)
Saving entry ('myshow.cn让人人都有个人网站')... ok (ID 274)
Saving entry ('中国十大名人')... ok (ID 275)
Saving entry ('法语，法语，还是法语！')... ok (ID 276)
Saving entry ('Cold Mountain')... ok (ID 277)
Saving entry ('散伙饭')... ok (ID 278)
Saving entry ('血腥又好玩的flash----happy tree friends')... ok (ID 279)
Saving entry ('讲讲陈旧的教育制度是如何摧残我们的童年的。')... ok (ID 280)
Saving entry ('<>')... ok (ID 281)
Saving entry ('保护你的email地址信息')... ok (ID 282)
Saving entry ('三个寝室睡半数的人')... ok (ID 283)
Saving entry ('介绍好玩的东东（相册和画板）')... ok (ID 284)
Saving entry ('最近散漫')... ok (ID 285)
Saving entry ('非常气愤的事情')... ok (ID 286)
Saving entry ('我的Gmail')... ok (ID 287)
Saving entry ('谁能告诉我怎么回事，关于PayPal.com')... ok (ID 288)
Saving entry ('lanxigua.com和augix.com开通啦')... ok (ID 289)
Saving entry ('发觉现在比小时候笨多了')... ok (ID 290)
Saving entry ('想要KISS不容易')... ok (ID 291)
Saving entry ('Egypte antique跟世界语Esperanto')... ok (ID 292)
Saving entry ('第一节法语课')... ok (ID 293)
Saving entry ('毕业篮球赛')... ok (ID 294)
Saving entry ('一路顺风，小波。')... ok (ID 295)
Saving entry ('会读法文单词了')... ok (ID 296)
Saving entry ('两个Gmail名额')... ok (ID 297)
Saving entry ('我的法文blog')... ok (ID 298)
Saving entry ('Lecon trois的对话')... ok (ID 299)
Saving entry ('利用cgi获取服务器信息以及一张学士照')... ok (ID 300)
Saving entry ('为什么一个礼拜没有留日志')... ok (ID 301)
Saving entry ('离寝手续')... ok (ID 302)
Saving entry ('今天也是我的生日')... ok (ID 303)
Saving entry ('蛋糕的名字----柠檬之恋')... ok (ID 304)
Saving entry ('本blog已转移')... ok (ID 305)
Saving entry ('我想上网啊！')... ok (ID 306)
Saving entry ('终于拨上来了')... ok (ID 307)
Saving entry ('第一次玩BLOG')... ok (ID 308)
Saving entry ('今天下地')... ok (ID 309)
Saving entry ('又干活')... ok (ID 310)
Saving entry ('郁闷啊，看课件')... ok (ID 311)
Saving entry ('本学期第一次考试')... ok (ID 312)
Saving entry ('放了网页在实验室')... ok (ID 313)
Saving entry ('我恨蚊子')... ok (ID 314)
Saving entry ('茶学SB版补丁')... ok (ID 315)
Saving entry ('宝马出的自行车')... ok (ID 316)
Saving entry ('茶学考试')... ok (ID 317)
Saving entry ('生物信息')... ok (ID 318)
Saving entry ('自修去了')... ok (ID 319)
Saving entry ('田原-跳房子')... ok (ID 320)
Saving entry ('自修归来')... ok (ID 321)
Saving entry ('6.15.14.22')... ok (ID 322)
Saving entry ('Fatal Error')... ok (ID 323)
Saving entry ('是我在飞行')... ok (ID 324)
Saving entry ('被小明偷拍')... ok (ID 325)
Saving entry ('蛋白质数据库')... ok (ID 326)
Saving entry ('BT的植物病理学考试')... ok (ID 327)
Saving entry ('刚刚把课程论文交了')... ok (ID 328)
Saving entry ('How to choose a watermelon?')... ok (ID 329)
Saving entry ('26 décembre 2003')... ok (ID 330)
Saving entry ('27 décembre 2003')... ok (ID 331)
Saving entry ('Expressions usuelles')... ok (ID 332)
Saving entry ('《黑白森林》')... ok (ID 333)
Saving entry ('Je m'appelle Hélène')... ok (ID 334)
Saving entry ('《双瞳Double Vision》')... ok (ID 335)
Saving entry ('30 décembre 2003')... ok (ID 336)
Saving entry ('Nous sommes le 1er janvier 2004')... ok (ID 337)
Saving entry ('动词变位présent')... ok (ID 338)
Saving entry ('1:36')... ok (ID 339)
Saving entry ('最快的64位个人电脑')... ok (ID 340)
Saving entry ('微软可能动用捆绑策略，Google会不会成为网景第二？')... ok (ID 341)
Saving entry ('samedi 03 janvier 2004')... ok (ID 342)
Saving entry ('Télécharger depuis RGP au lieu de NCBI')... ok (ID 343)
Saving entry ('男性Y染色体决定人类进化质量')... ok (ID 344)
Saving entry ('3点了')... ok (ID 345)
Saving entry ('明年这个时候会怎样？')... ok (ID 346)
Saving entry ('一个哥们的表白re上了88的十大')... ok (ID 347)
Saving entry ('C'est finit!')... ok (ID 348)
Saving entry ('郁金香芳芳Fanfan la tulipe')... ok (ID 349)
Saving entry ('朴树La perte')... ok (ID 350)
Saving entry ('关于留言簿')... ok (ID 351)
Saving entry ('考完了')... ok (ID 352)
Saving entry ('今晚帮师姐写的程序hitcount.pl')... ok (ID 353)
Saving entry ('电影《地下铁》里面的两首法语歌')... ok (ID 354)
Saving entry ('看文献，头好大!(NOTE1 for Paterson's pdf)')... ok (ID 355)
Saving entry ('看文献！看文献！')... ok (ID 356)
Saving entry ('这回又有钱了')... ok (ID 357)
Saving entry ('IBM的操作系统AIX')... ok (ID 358)
Saving entry ('我的挑战杯项目批下来了')... ok (ID 359)
Saving entry ('今天去玉泉领到了中英文成绩单')... ok (ID 360)
Saving entry ('新程序：从BLASTN结果中提取CDS位点')... ok (ID 361)
Saving entry ('终于作出了点矩阵图')... ok (ID 362)
Saving entry ('真是意外，我一下子没有目标了')... ok (ID 363)
Saving entry ('在实验室避暑')... ok (ID 364)
Saving entry ('about Dotti')... ok (ID 365)
All data imported successfully! Make sure that you remove
the files that you imported from the 'import' folder, so that
if/when you run the import process again, those files will not
be re-imported.
Posted by 西瓜 at 02:48 PM | Comments (0)
April 15, 2006
小明给我寄来的布鞋
April 13, 2006
参观法国国家核物理和粒子物理研究所超级计算中心
生物信息学研究需要借助超级计算机来分析海量数据，我所在的实验室LBBE是法国国家核物理和粒子物理研究所(in2p3)的超级计算中心的合作单位之一，为了帮助实验室成员了解与使用该中心的计算资源，我们参加了他们的培训班，不仅学习了如何使用这些资源，还参观了中心的机房，惊叹的感觉可以用进了大观园形容。
先不说统计数据，单就呈现几张照片。
每天往返于学校与家，我竟然不知道in2p3的超级计算中心就在校区的西北角，离实验室只有5分钟步行的路，那里还有一个橄榄球场。下面这个就是计算中心了。
里面挤满了计算机。
下面是192台IBM xSeries 335，
每一片东东就是一台计算能力是2.4 Ghz的服务器，在浙大的时候，我们学院引进的500万rmb的服务器其实就是其中的4到8片，而且CPU的频率似乎还没有2.4 Ghz。
这192台IBM xSeries 335的背后是这样的
下面这排里头都是IBM服务器，其中96片Netfinity 4000R, 110片xSeries 330，还有72片xSeries 330.
不计其数的NEC Express 5800
又很多xSeries 335
近端是IBM的机器，后面是Sun的，我都不知道这是什么型号，太多机器了。
Sun V40z
这些应该是存贮架，一片片大概都是硬盘。
仍然是这些存贮单元。
存储服务器 IBM DS8000，容量为250 To（太）
协调这么多的计算单元跟存贮单元，竟然只需要这么一个switch
还有跟通信，网络相关的服务器，
Server Telecom
法国国家网络在里昂的节点，
该中心里最让人不可思议的是这6个大机器人。
他们被用来存储非常重要的信息。
里面是成千上万的存储单元，
每一片都是几百Gb，他们构建成一个环形墙。
有一个机器手臂围绕着他转动，当有用户需要某个数据，该中心的系统可以定位到某个大机器人体内的某一片磁盘，机器手臂可以把他从这面环形墙里头找出来，放入边上的读取盒中读取数据。我们参观的时候看到里头的机器手臂快速的饶着墙面滑行，放出红色的信号，非常cool。
注：由于没有想到场面会这么壮观，所以没带相机，倒是同事拍了一些。这一帖里面大部分图片来自in2p3网站公开的照片。
Posted by 西瓜 at 04:36 PM | Comments (5)
April 06, 2006
准备学术报告中
过去3个月我一直在做课题，开足马力，日夜奋战，做出了一点结果，导师让我在实验室做个报告。这个报告不是做给同学听听的，坐在下面的将会是一些真正的科学家，最近两周没日没夜的准备这个报告，所以blog也荒了。
我的课题是回答一个为什么鼠类基因组的GC含量比人类等其他哺乳动物都均一的问题。
报告的第一张幻灯片是这样的：
Posted by 西瓜 at 09:15 PM | Comments (3)